Я видел нечто подобное происходит с одной из моей материнской платы. Он может видеть 3 из 4 графических карт. Затем я прочитал руководство к материнской плате, и это говорит о том, что материнская плата будет отключить дальний слот от процессора (слот-8), если установлены 3+ PCIe-16 графических карт в любом из первых 6 слотов (слот 7 PCI). Я мог перетасовать 3 карты в любой из слотов, и он будет работать, но с добавлением 4-го и было бы отключить последний слот. Если бы я использовал PCIe стояки, он должен работать для меня, но я никогда не беспокоил. Три из четырех не плохо, я просто воткнул другую карту в другую машину.

Постскриптум Вы правы, что вам не нужны заглушки под Linux (или под Windows, так как Catalyst 11.7).

EDIT: Там была одна вещь, о моей материнской плате, и это было, что это было мало тумблеры для включения / выключения слотов PCIe, чтобы помочь в отладке проблем, и как-то два из них получили переворачивается отключить. Это заняло у меня несколько часов, чтобы заметить.