1 cgminer с настройками, специфичными для каждой карты - просто отделить каждую установку с запятой, например.

cgminer --scrypt --url http://p2pool.bbqcoin.darkgamex.ch:19324/static/ --Пользователь х --pass х --expiry 30 --gpu-резьба 1 --worksize 256 --intensity 19,18 --thread-параллелизм 18512,7168 --gpu двигатель 880850 --gpu-memclock 1500,1200

Единственный раз, когда мне пришлось работать 2 экземпляра cgminer, когда карты используют различные --gpu-тему.