Я никогда не бежал скрытый сервис, но я думаю, что преимущество запуска веб-сервера через тор (как скрытой службы / .onion) является то, что люди могут посетить ваш сайт еще не знаете, где расположен сервер. Это позволяет запускать спорные сайты с гораздо меньшим риском получения закрыта властями. 

Скрытые сервисы являются более безопасными, чем Clearnet услуг в том смысле, что клиент и сервер не знают, почти столько друг о друге, как они это делают в Clearnet. Сидя в Clearnet сайт через тор предлагает клиенту защиту тор, но и информацию о сервере (например, IP-адрес, поставщик услуг Интернета, физическое местоположение, может быть, имя администратора / владельца через WHOIS записей) до сих пор в обществе.

Вы можете также придерживаться Clearnet, если вы используете не-противоречивый / полностью юридический (независимо от того, что означает) сайт, а затем поощрить посетитель обеспокоены их частную жизнь, чтобы просмотреть через Tor.

Вы, вероятно, хотите придерживаться TOR скрытой службы (".лук" сайт), если вы работаете сайт, который обычно может быть закрытым вашими местными органами власти. Это, по-видимому, как Шелковый путь остается в бизнесе.

Я думаю, что весь трафик через Tor шифруется, который устраняет необходимость использовать шифрование на уровне веб-сервера при выполнении скрытого сервиса, но Clearnet сайты могут предложить шифрование по протоколу HTTPS.

Преимущество Clearnet сайтов является доступ пользователей без TOR и гораздо большей скоростью, чем вы когда-либо видеть на тор. Преимущество скрытых сервисов Tor является защита владельца сервера / сайта.

Удачи!