С молнией, я полагаю, вы можете просто извлечь его в тот же каталог, как вы сделали старую версию, а просто сказать ему, чтобы переписать?
Я использовал исполняемый файл для установки, так что, когда новые версии выходят, я просто использовать окно деинсталлировать функцию (которая оставляет wallet.dat на месте), а затем запустить новый исполняемый файл.