Вы читаете неправильно. Fsck для ремонта файловые системы, не системные файлы, и, следовательно, не поможет. Если вы настаиваете на запустив его в любом случае, правильный вызов является:
поскольку пользователи VPS не являются (или, по крайней мере, не должно быть!) возможность доступа сырых разделов.

Это не поможет, хотя, так как это крайне маловероятно, ваша проблема связана с коррумпированным файловой системы. Более вероятно, обновленные библиотеки просто не работают. Что вам действительно нужно сделать, это определить, какие библиотеки сломаны и почему (сообщения об ошибках очень полезны здесь). Вы можете быть в состоянии решить эту проблему, понижая к старой версии библиотеки в вопросе. Это все, что я могу предложить, не зная, что проблема конкретно это.