Эмуляция более раннюю францисканский миссионер, Франсис Соланус, Serra сделал привычку наказать себя физически, чтобы очистить свой дух. Он носил власяницу шипов с щетиной, или пальто переплетается с кусками проволоки, под верхней одеждой его серый монаха. [24] В суровом клетке, Серра держала цепь острых заостренных железных звеньев висят на стене рядом с кроватью, чтобы хлестать себя по ночам, когда греховные мысли побежали через его ум. Его ночные автопортреты flagellations в колледже Сан-Фернандо пойманы уши некоторых из его коллег монахов. В своих письмах к францисканским компаньонам, Серра часто называют себя как "грешник" и "самый недостойный священник."

В одной из своих проповедей в Мехико, в то время как побуждая своих слушателей покаяться в своих грехах, Серра взял свою цепь, обнажил плечи и начал хлестать себя. Многие прихожане, возбужденные зрелище, зарыдали. Наконец, человек поднялся на амвон, взял цепь из рук Серра и начал хлестать себя, заявив: "Я грешник, неблагодарно к Богу, который должен сделать покаяние за многие мои грехи, и не падре [Serra], который является святым." Человек продолжал хлестать себя, пока он не упал. После получения последних таинств, позже он умер от тяжелого испытания. [25]

Во время других проповедей на тему покаяния, Серра бы поднять большой камень в одной руке и, сжимая распятие в других, разбить камень к его груди. Многие из его слушателей боялись, что он ударит себя мертвым. Позже, Серра страдал боли в груди и одышка; Palуu предполагает, что самоповреждения ушибы Серра были причиной. Проповедуя ада и проклятья, Серра бы шептала его плоть с четырьмя зубцами пламени свечи. - эмулирует знаменитый францисканский проповедник, Иоанн Капистрано [26] Palуu описал это как "довольно сильный, болезненный и опасный по отношению к ранив его в грудь."[27]

Серра не стоял один среди католических миссионеров в отображая Самонаказание на амвоне. Более ревностные францисканцы и миссионеры-иезуиты делали то же самое. Но мало кто взял его в крайности, которые сделали Серра. Правила колледжа Сан-Фернандо сказал, что само-наказание никогда не следует проводить до точки постоянно инкапаситирующей себя. [28] Некоторые из коллег Серра увещевал его слишком далеко.