Я только что построил 3 буровых установок, которые почти точно так же, как ваш, просто разные материнская плата марки (ASRock MOBO, Sempron 140, 2x Radeon 6950). Я также использую Ubuntu для моих установок. У меня не было никаких проблем, просто положить оба карт и запуску установки с монитором, подключенным только в верхние карты (один в реальном 16x слота). Я не использую любой заглушкой во второй карты. Также не используется разъем CrossFireX.

Это звучит для меня, как, скорее всего, проблема некоторые настройки по умолчанию на этой плате, баловаться с картой видео по умолчанию, когда два подключены. Вы пробовали подключить монитор во вторую карту (и на этой ноте, вы пробовали некоторые из других видеовыходов на две карты)? Кроме того, вырыть через настройки БИОС, чтобы увидеть, что связано с видео устройство по умолчанию. Иногда это имеет настройки, такие как PCI-E, PCI, интегрированные и т.д. Попробуйте различные настройки от значения по умолчанию.

Кроме того, если вы используете перекрестный огонь, попробуйте без них. Если нет, попробуйте с разъемом кроссовера. В основном методом проб и ошибок каждый вариант, вы можете думать.

Еще одна вещь, которую я просто подумал, что происходит, когда вы запустите машину только с одной видеокарты в, но во второй слот PCI-E? Может быть, возможно, плохой слот?