Здравствуйте,
Я ученый и некоторые работы я делаю включает данные секвенирования следующего поколения.
Образом генерируются эти данные, что короткие куски последовательности «считывает» из примерно 100 оснований (буквы) генерируются в широком масштабе параллельным образом, а затем выравниваются (соответствует) к опорному геном. Геном человека, например, составляет около 3000000000 оснований. Это, конечно, интенсивный процесс в вычислительном и, как правило, осуществляется на кластере или в облаке.
Что мне было интересно, является ли этот процесс может быть carreid с использованием СИС шахтера (вероятно, Scrypt ASIC). Инструменты, как правило, используются для выравнивания включают BWA (
http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml) И Stampy (
http://www.well.ox.ac.uk/project-stampy) В случае, если кто-то заинтересован в ответе на этот вопрос. В качестве стимула, это несколько миллиардов $ промышленности ...
* Ждет последовательностей для выравнивания в течение следующих нескольких недель *
ASIC шахтер сделан из многих и многих специализированных интегральных схем, которые были настроены сделать только одно: хэширования на очень высоких скоростях. Так как этот тип MCU не тратит никаких циклов на что-либо другое, что является весьма эффективным по сравнению, скажем, персонального компьютера процессор, который делает много других вещей, в то же время.
Если вы не можете разрушить ваш алгоритм секвенирования для решения много SHA256 хэш, вы не можете использовать добывающий ASIC для этого.
Вы должны смотреть на специализированные микросхемы, если уже разработаны, если нет (скорее всего), вы можете попробовать связаться с инженером электроники, чтобы помочь вам создать несколько FPGA на базе плат для конкретных алгоритмов. FPGA на основе решения будет гораздо быстрее, чем ваши текущие параметры (в основном раздутое и завышенное облако), и если вы получаете некоторые VC вы можете создавать свой собственный СБИС и побить мировой рекорд по обработке данных генома.
Имейте в виду, что наиболее популярные VC компании не будет финансировать вас, потому что они, вероятно, в сговоре с некоторыми компаниями и другими группами интересов, которые были бы очень заинтересованы (несколько миллиардов долларов стоит острый), чтобы сохранить срывая их фарма клиентов и специализированные в сносит R&D бюджеты через Сейшелы.
Поэтому лучше всего, чтобы поразить его с небольшой группой грамотных частных инвесторов (а не какой-то случайный деревенского, которые только что нашли нефть в их дворе) и вкладывать значительные усилия в вашем отборочном процессе.
Связаться с этим человеком, если вы действительно серьезно с исследованием:
https://twitter.com/rikisabatini