Теоретически, да. В actuallity, нет. Вирус нужно будет права администратора для того, чтобы смонтировать диск или раздел с Ubuntu, и это необходимо будет установить драйвера, чтобы прочитать другое форматирование диска. Кроме того, в связи с разрешениями на системе Linux, все, что написано на диск Ubuntu из окон, вероятно, не имеет права на запуск. Даже так, что вирус все еще может использовать что-то в Ubuntu для запуска.

Эта атака весьма маловероятна, и я думаю, что это произойдет только тогда, когда вы были направлены конкретно. Если вы параноик, я бы посоветовал обновить обе операционки часто и быть осторожным, что вы просматриваете. Шифровать все данные на ОС Ubuntu. Если он находится на втором диске, я вы должны быть в состоянии зашифровать этот диск (он может работать даже на перегородке, я не уверен), что помешало бы кто-нибудь от того, чтобы прочитать данные без пароля, таким образом предотвращая любая атака с ОС Windows на Ubuntu, при условии, конечно, у вас нет кейлоггер и никогда не использовал пароль дешифрования в Windows.